على رغم كارشكنیها و تبلیغات سوء منافقان ، رسول خدا صلى الله علیه و آله و سلم على (علیه السلام ) را جانشین خود در مدینه ساخت و در ماه رجب سال نهم هجرى به همراه سپاهى عظیم ، راه پرمشقت شمال را در پیش گرفت علت انتخاب على (علیه السلام ) بارى جانشینى در مدینه بر اساس آنچه در منابع تاریخى آمده است .⁽²⁶⁴⁾
این بود كه پیامبر صلى الله علیه و آله و سلم از سوء نیت اعراب و بسیارى از مدرم مكه كه با آنان جنگیده و خون بستگانشان را ریخته بود و منافقان مدینه كه به بهانه هایى از شركت در این نبرد سرباز زده بودند مطلع بود، و بیم آن مى رفت كه این عناصر از غیبت طولانى پیامبر صلى الله علیه و آله و سلم و دیگر مسلمانان استفاده كنند و به مدینه بتازند، لذا وجود امیرمؤ منان (علیه السلام ) در مدینه همچون خود پیامبر صلى الله علیه و آله و سلم عامل مهمى در ترساندن دشمنان و پاسدارى از مركز حكومت اسلامى بود، از این رو پیامبر صلى الله علیه و آله و سلم به هنگام معرفى حضرت على (علیه السلام ) به جانشینى خو فرمود:
ان المدینة لا تصلح الا بى اوبك مدینه جز با وجود من یا تو اصلاح نپذیرد.⁽²⁶⁵⁾ یكى از توطئه هاى منافقان كه با نقش قبلى آنها ریخته شده بود قتل على (علیه السلام ) و رسول خدا صلى الله علیه و آله و سلم بود. لذا صد نفر از آنان در مدینه براى قتل على (علیه السلام ) و چهارده نفر هم براى قتل پیامبر صلى الله علیه و آله و سلم با سپاه حركت كردند. با حركت سپاه اسلام به سوى تبوك و ماندن على (علیه السلام ) در مدینه منافقان همه نقشه هاى خود را نقش بر آب دیدند و دست به توطئه جوسازى و شایعه پراكنى زدند. امیرمؤ منان (علیه السلام ) با شنیدن سخنان واهى آنها مبنى بر اینكه رسول خدا صلى الله علیه و آله و سلم از روى بى مهرى على (علیه السلام ) را با خود نبرده است خود را به پیامبر رسانید و جریان را گزارش داد. رسول خدا صلى الله علیه و آله و سلم فرمود: دروغ مى گویند بلكه تو را براى نگهدارى آنچه پشت سرم هست گذاردم . آیا راضى نیستى نسبت تو به من ، همان مقام و منزلت هارون نسبت به موسى باشد؟ جز آنكه پس از من پیامبرى نیست . سپس رسول خدا صلى الله علیه و آله و سلم به آن حضرت دستور داد به مدینه بازگردد و جانشین وى در دار الهجرة و خانواده اش باشد.⁽²⁶⁶⁾

یك نفر یهودى از امتحانات و آزمایشات الهى كه على (علیه السلام ) از آنها سرافراز بیرون آمده بود سؤ ال كرد. حضرت تمامى امتحانات الهى خود را بر شمرد و دقیقا به بیان مسائل اجتماعى آن زمان مى پردازد و دقیقا در لابلاى گفتار امام ؛ مظلومیت آن حضرت نمودار است كه در اینجا به یكى از آنها اشاره مى شود:
على (علیه السلام ) فرمود: اى برادر یهودى كسى كه پس از ابوبكر زمامدار حكومت شد در ورود و خروج همه كارها با من مشورت مى كرد و طبق دستور من كارها را انجام مى داد و در كارها سخت از من نظر مى خواست و طبق نظر من رفتار مى كرد؛ نه من كسى را سراغ دارم و نه اصحابم ؛ كه به جز من در كارها با او مشورت كرده باشد... چون مرگ ناگهانى او فرا رسید و بدون بیمارى قلبى كه بتواند تصمیمى در حال صحت بگیرد؛ از دنیا رفت ...
نتیجه كار دومى این شد، پرونده زندگانیش موقعى بسته شد كه عده اى را كاندید و نامزد خلافت كرد كه من ششمین آنها بودم و مرا با هیچ كدام آنها برابر ندانست و همه حالات مرا از وارثت رسول خدا صلى الله علیه و آله و سلم و خویشاوندى و نسب و دامادى بدست فراموشى سپرد...
خلافت را در میان ما به شورى واگذار نمود و فرزند خود را بر همه ما حاكم كرد و دستور داد كه اگر طبق دستور او عمل نكردیم و مجلس ‍ شورى تشكیل ندادیم گردن هر شش نفر ما را بزند. اى برادر یهودى ! مى دانى كه براى همین پیش آمد ناگوار چه اندازه صبر و تحمل لازم است ؟ آنان در آن چند روزى كه بودند هر كدام به نفع خویش شروع به فعالیت و سخنرانى نمودند ولى من دست روى دست گذاشتم و ساكت بودم ... (در آن شورا) یكى از خود راءى ها و سرسخت هاى آن هیاءت شش ‍ نفرى ، تند كردى و كار را از دست من گرفت و به طمع شركت در بهره بردارى از خلافت ، حكومت را بدست عثمان سپرد، و عثمان كسى بود كه نه با او و نه با هیچ یك از حاضرین در شورا از نظر اخلاقى مساوى نبود چه رسد به كمتر از آنان ... سپس طولى نكشید كه همان سرسختى ها كه در انتخاب عثمان مؤ ثر بودند ، او را كافر شمردند و از او بیزارى جستند. عثمان به نزد دوستان صمیمى خود رفت و به دیگر اصحاب رسول خدا صلى الله علیه و آله و سلم مراجعه كرد و در خواست استعفا از بیعت خود را نمود و از آشوبى كه به پا كرده بود اظهار پشیمانى مى نمود اى برادر یهودى ! این پیش آمد از پیش آمد قبلى سخت تر و دلخراش تر بود... از این جریان آنچنان ناراحت شدم كه قابل توصیف نیست و اندازه اى ندارد ولى چاره اى جز صبر نداشتم كه بگذارم و بگذارم ... به خدا قسم اى برادر یهودى مرا از شورش علیه عثمان همان چیزى جلوگیرى كرد كه از قیام علیه حكومت قبلى جلوگیرى كرده بود... اى برادر یهودى ! هیچ تغییرى در تصمیم خود راه نداده ام و به این جهت در برابر عثمان ساكت ماندم و آنچه مرا وا داشت كه از اقدام علیه او دست نگهدارم این بود كه من در نتیجه آزمایشى كه از او كرده بودم مى دانستم اخلاقى كه او دارد او را رها نخواهد كرد تا مردم را به كشتن و خلعش ‍ بكشاند...⁽⁸⁰⁹⁾